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Ubuntu18.04のRStudio serverにgpuRパッケージのインストール

Shoya Shoya Follow Nov 20, 2019 · 4 mins read
Ubuntu18.04のRStudio serverにgpuRパッケージのインストール
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RでGPU使ったら計算が早くなるんじゃないかと思って、gpuRというパッケージのインストールを試みました。

PCはHP workstation Z820にGeForce GTX1080を差したもの。詳細はわかりません。CPUはIntel Xeonの何か。

Ubuntu 18.04です。

とりあえず公式の手順通りにやってみた。

cdeterman/gpuR: R interface to use GPU’s

実際はやっていなくて、NVIDIAのドライバをアップデートしたりCUDAを入れたりした後だった。

install.packages("gpuR")としても

/usr/bin/ld: cannot find -lOpenCL

的なエラーが出てコンパイルできませんでした。

解決

解決策は以下のページから持ってきました。ありがとうございます。

コンパイル時に「/usr/bin/ld: cannot find」と言われた場合は - com.posed

find / -name *OpenCL*

で探して

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/

ここにあったので

cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/

移動して

sudo ln -s libOpenCL.so.1.0.0 libOpenCL.so

再度

install.packages("gpuR")

でインストール完了。

library(gpuR)

currentDevice()で確認するとGeForce GTX 1080と表示されました!

早くなるか

iMac Proでもうまくいっていて、

setContext(2L)

とすればAMD Radeon Pro VEGAが使えています。

いろいろ試しましたが、ベクトルの計算や小さい行列の計算は普通にやった方が早い。。。そんな大規模な計算や大きいデータを扱うわけではないので、苦労して入れたgpuRを使わないことになりました。

Shoya
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免疫学やウイルス学について数理モデルを使った研究をしています。