Ubuntu18.04のRStudio serverにgpuRパッケージのインストール

RでGPU使ったら計算が早くなるんじゃないかと思って、gpuRというパッケージのインストールを試みました。

PCはHP workstation Z820にGeForce GTX1080を差したもの。詳細はわかりません。CPUはIntel Xeonの何か。

Ubuntu 18.04です。

とりあえず公式の手順通りにやってみた。

実際はやっていなくて、NVIDIAのドライバをアップデートしたりCUDAを入れたりした後だった。

install.packages("gpuR")としても

/usr/bin/ld: cannot find -lOpenCL

的なエラーが出てコンパイルできませんでした。

解決

解決策は以下のページから持ってきました。ありがとうございます。

find / -name *OpenCL*

で探して

/usr/lib/x86_64-linux-gnu/

ここにあったので

cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/

移動して

sudo ln -s libOpenCL.so.1.0.0 libOpenCL.so

再度

install.packages("gpuR")

でインストール完了。

library(gpuR)

currentDevice()で確認するとGeForce GTX 1080と表示されました！

iMac Proでもうまくいっていて、

setContext(2L)

とすればAMD Radeon Pro VEGAが使えています。

いろいろ試しましたが、ベクトルの計算や小さい行列の計算は普通にやった方が早い。。。そんな大規模な計算や大きいデータを扱うわけではないので、苦労して入れたgpuRを使わないことになりました。